Die Kommission III setzt sich wissenschaftlich mit den in Böden lebenden Organismen (vor allem Mikroorganismen und Fauna) auseinander. Im Zentrum der Arbeit der Kommission III stehen die Wechselwirkungen der Bodenorganismen zueinander und zu ihrem Habitat, dem Boden, das die physikalische und chemische Umwelt der Organismen definiert, sowie ihre hieran gekoppelte Bedeutung in Ökosystemen. Ein wesentliches Ziel der Kommission III ist die Anwendung und Weiterentwicklung von Methoden zur Beobachtung und Quantifizierung von Bodenorganismen sowie von deren Funktion in verschiedenen Bodenprozessen. Ein besonderes Gewicht hat dabei die Analyse der Auswirkungen menschlichen Handelns, insbesondere der Landnutzung auf Bodenorganismen.